Cơ cấu kinh tế huyện Ba Tơ được xác định gồm: nông - lâm nghiệp, công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp, thương mại - dịch vụ. Năm 2004, nông, lâm nghiệp chiếm 71,9%, công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp chiếm 13,3%, thương mại - dịch vụ chiếm 14,8%; tổng giá trị sản xuất năm 2004 là 159 tỷ đồng. Năm 2005, giá trị sản xuất nông, lâm nghiệp 125,700 tỷ đồng, trong khi giá trị sản xuất công nghiệp là 16,161 tỷ đồng.